Karena keberhasilan luar biasa Sistem Sibyl, Jepang telah mulai mengekspor teknologi ke negara lain dengan harapan bahwa suatu hari nanti akan digunakan di seluruh dunia. Untuk menguji keefektifannya di lokasi asing, negara Uni Asia Tenggara (SEAUn) yang dilanda perang memutuskan untuk menerapkan sistem tersebut, berharap untuk membawa perdamaian dan stabilitas ke kota Shambala Float dan menjaga populasi tetap terkendali.
Namun, sekelompok teroris anti-Sibyl tiba di Jepang, dan Biro Keselamatan Publik Kementerian Kesejahteraan menemukan bukti signifikan bahwa para penyerbu dibantu oleh Shinya Kougami, mantan Enforcer yang menjadi nakal. Karena hubungan mereka di masa lalu, Akane Tsunemori dikirim ke SEAUn untuk membawanya kembali, tetapi dengan tahun-tahun pertemuan terakhir mereka di masa lalu, reuni mereka mungkin tidak berjalan sesuai rencana.